(*CacheID: 234*) (* Internal cache information: NotebookFileLineBreakTest NotebookFileLineBreakTest NotebookDataPosition[ 0, 0] NotebookDataLength[ 69992, 1460] NotebookOptionsPosition[ 69090, 1427] NotebookOutlinePosition[ 69647, 1447] CellTagsIndexPosition[ 69604, 1444] WindowFrame->Normal*) (* Beginning of Notebook Content *) Notebook[{ Cell[CellGroupData[{ Cell[BoxData[ RowBox[{ RowBox[{"(*", " ", StyleBox[ RowBox[{ RowBox[{"NOTE", ":", " ", RowBox[{"FOR", " ", "SIMPLICITY"}]}], ",", " ", RowBox[{ RowBox[{"INITIAL", " ", "COVERAGE"}], " ", "=", " ", RowBox[{"0", " ", RowBox[{"(", RowBox[{"when", " ", "beam", " ", "is", " ", "turned", " ", "on"}], ")"}]}]}]}], FontColor->RGBColor[1, 0, 0]], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", " ", StyleBox[ RowBox[{"(", RowBox[{ "inital", " ", "coverages", " ", "can", " ", "be", " ", "calculated", " ", "by", " ", "setting", " ", "f0", " ", "to", " ", "zero"}], ")"}], FontColor->RGBColor[1, 0, 0]], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{ "This", " ", "code", " ", "was", " ", "tested", " ", "using", " ", "Mathematica", " ", "v", " ", "10.0", ".1", ".0", " ", RowBox[{"(", RowBox[{"Platform", ":", " ", RowBox[{"Mac", " ", "OS", " ", "X", " ", "x86", " ", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"32", "-", " ", "bit"}], ",", " ", RowBox[{"64", "-", " ", RowBox[{"bit", " ", "Kernel"}]}]}], ")"}]}]}], ")"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{"Documentation", " ", "in", " ", "the", " ", RowBox[{ "paper", ":", " ", "\"\\""}]}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{ RowBox[{"by", " ", "Milos", " ", "Toth"}], ",", RowBox[{"Charlene", " ", "Lobo"}], ",", RowBox[{"Vinzenz", " ", "Friedli"}], ",", RowBox[{ "Aleksandra", " ", "Szkudlarek", " ", "and", " ", "Ivo", " ", "Utke"}]}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{ RowBox[{"Beilstein", " ", RowBox[{"J", ".", "Nanotechnol", ".", "2015"}]}], ",", "6", ",", RowBox[{"1518", "-", RowBox[{"1540", " ", RowBox[{"(", RowBox[{"open", " ", "access"}], ")"}]}]}]}], " ", "*)"}], " ", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{ RowBox[{"http", ":"}], "//", RowBox[{ RowBox[{"www", ".", "beilstein"}], "-", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"journals", ".", "org"}], "/", "bjnano"}], "/", "content"}], "/", "pdf"}], "/", "2190"}], "-", "4286", "-", "6", "-", RowBox[{"157.", "pdf"}]}]}], " ", "*)"}], " ", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{">>>", ">>>", ">>>", ">>>", ">>>", RowBox[{">", " ", RowBox[{"INPUT", " ", "PARAMETERS", " ", RowBox[{"<<", RowBox[{"<<", RowBox[{"<<", RowBox[{"<<", RowBox[{"<<", RowBox[{"<<", RowBox[{"<<", "<<"}]}]}]}]}]}]}]}]}]}], " ", "*)"}], " ", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"tmin", "=", RowBox[{"10", "^", RowBox[{"(", RowBox[{"-", "7"}], ")"}]}]}], ";", RowBox[{"tmax", "=", "1"}], ";", " ", RowBox[{"(*", " ", "sec", " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"k0", "=", RowBox[{"8617332478", "*", RowBox[{"10", "^", RowBox[{"(", RowBox[{"-", "14"}], ")"}]}]}]}], ";", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{"eV", "/", "K"}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"T0", "=", "290"}], ";", " ", RowBox[{"Tg0", "=", "290"}], ";", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{ RowBox[{"sample", " ", "&"}], " ", "gas", " ", "temperatures", " ", RowBox[{"(", "K", ")"}]}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"Pb", "=", "0.751"}], ";", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{"EBIE", " ", "precursor", " ", "gas", " ", "pressure", " ", RowBox[{"(", "Torr", ")"}]}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"Pc", "=", "0.00751"}], ";", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{"EBID", " ", "precursor", " ", "gas", " ", "pressure", " ", RowBox[{"(", "Torr", ")"}]}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"mb0", "=", "18.015"}], ";", " ", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{ "mass", " ", "of", " ", "EBIE", " ", "precursor", " ", "gas", " ", "molecule", " ", RowBox[{"(", "amu", ")"}]}], " ", "*)"}], " ", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"mc0", "=", "128.26"}], ";", " ", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{ "mass", " ", "of", " ", "EBID", " ", "precursor", " ", "gas", " ", "molecule", " ", RowBox[{"(", "amu", ")"}]}], " ", "*)"}], " ", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"f0", "=", RowBox[{"10", "^", "2"}]}], ";", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{"electron", " ", "flux", " ", RowBox[{"(", RowBox[{ SuperscriptBox["\[CapitalARing]", RowBox[{"-", "2"}]], SuperscriptBox["s", RowBox[{"-", "1"}]]}], ")"}]}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"sb0", "=", "1"}], ";", RowBox[{"(*", RowBox[{"EBIE", " ", "precursor", " ", "sticking", " ", "coefficient"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"sc0", "=", "1"}], ";", RowBox[{"(*", RowBox[{"EBID", " ", "precursor", " ", "sticking", " ", "coefficient"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"Ab0", "=", "10.51"}], ";", RowBox[{"(*", RowBox[{ "area", " ", "of", " ", "EBIE", " ", "precursor", " ", "gas", " ", "molecule", " ", RowBox[{"(", SuperscriptBox["\[CapitalARing]", "2"], ")"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"Ac0", "=", "68"}], ";", RowBox[{"(*", RowBox[{ "area", " ", "of", " ", "EBID", " ", "precursor", " ", "gas", " ", "molecule", " ", RowBox[{"(", SuperscriptBox["\[CapitalARing]", "2"], ")"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"\[Sigma]\[Beta]0", "=", "1"}], ";", " ", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{"x", "-", RowBox[{ "section", " ", "for", " ", "dissociation", " ", "of", " ", "EBIE", " ", "precursor", " ", "molecules", " ", RowBox[{"(", SuperscriptBox["\[CapitalARing]", "2"], ")"}]}]}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"\[Sigma]\[Gamma]0", "=", "1"}], ";", " ", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{"x", "-", RowBox[{ "section", " ", "for", " ", "dissociation", " ", "of", " ", "EBID", " ", "precursor", " ", "molecules", " ", RowBox[{"(", SuperscriptBox["\[CapitalARing]", "2"], ")"}]}]}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"\[Sigma]r0", "=", "Ac0"}], ";", " ", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{ RowBox[{"reaction", " ", "x"}], "-", RowBox[{"section", " ", "1", " ", RowBox[{"(", SuperscriptBox["\[CapitalARing]", "2"], ")"}]}]}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"\[Sigma]rD0", "=", "Ac0"}], ";", " ", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{ RowBox[{"reaction", " ", "x"}], "-", RowBox[{"section", " ", "2", " ", RowBox[{"(", SuperscriptBox["\[CapitalARing]", "2"], ")"}]}]}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"Eb0", "=", RowBox[{"560", "/", "1000"}]}], ";", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{"EBIE", " ", "precursor", " ", "adsorption", " ", "energy", " ", RowBox[{"(", "eV", ")"}]}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"Ec0", "=", RowBox[{"940", "/", "1000"}]}], ";", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{"EBID", " ", "precursor", " ", "adsorption", " ", "energy", " ", RowBox[{"(", "eV", ")"}]}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"\[Kappa]b0", "=", RowBox[{"1.0", "*", RowBox[{"10", "^", "16"}]}]}], ";", RowBox[{"(*", " ", SuperscriptBox["s", RowBox[{"-", "1"}]], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"\[Kappa]c0", "=", RowBox[{"2.0", "*", RowBox[{"10", "^", "16"}]}]}], ";", RowBox[{"(*", " ", SuperscriptBox["s", RowBox[{"-", "1"}]], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"Vc0", "=", "3.2"}], ";", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{"volume", " ", "of", " ", "deposited", " ", "atom", " ", RowBox[{"(", SuperscriptBox["\[CapitalARing]", "3"], ")"}]}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"n\[Beta]0", "=", RowBox[{"n\[Gamma]0", "=", "1"}]}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{">>>", ">>>", ">>>", ">>>", ">>>", RowBox[{">", " ", RowBox[{"END", " ", "OF", " ", "PARAMETERS", " ", RowBox[{"<<", RowBox[{"<<", RowBox[{"<<", RowBox[{"<<", RowBox[{"<<", RowBox[{"<<", RowBox[{"<<", "<<"}]}]}]}]}]}]}]}]}]}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ RowBox[{"**", " ", "define"}], " ", "function", " ", "that", " ", "performs", " ", "parameter", " ", "substitutions"}], " ", "***)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"refreshSubstitutions", ":=", RowBox[{"{", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"sub", "=", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"k", "\[Rule]", "k0"}], ",", RowBox[{"Eb", "\[Rule]", "Eb0"}], ",", RowBox[{"Ec", "\[Rule]", "Ec0"}], ",", RowBox[{"\[Kappa]b", "\[Rule]", "\[Kappa]b0"}], ",", RowBox[{"\[Kappa]c", "\[Rule]", "\[Kappa]c0"}], ",", RowBox[{"sb", "\[Rule]", "sb0"}], ",", RowBox[{"sc", "\[Rule]", "sc0"}], ",", RowBox[{"Ab", "\[Rule]", "Ab0"}], ",", RowBox[{"Ac", "\[Rule]", "Ac0"}], ",", RowBox[{"Vc", "\[Rule]", "Vc0"}], ",", " ", RowBox[{"T", "\[Rule]", "T0"}], ",", RowBox[{"Tg", "\[Rule]", "Tg0"}], ",", RowBox[{"Pb", "\[Rule]", "Pb0"}], ",", RowBox[{"Pc", "\[Rule]", "Pc0"}], ",", RowBox[{"mb", "\[Rule]", "mb0"}], ",", RowBox[{"mc", "\[Rule]", "mc0"}], ",", RowBox[{"\[Sigma]\[Beta]", "\[Rule]", "\[Sigma]\[Beta]0"}], ",", RowBox[{"\[Sigma]\[Gamma]", "\[Rule]", "\[Sigma]\[Gamma]0"}], ",", RowBox[{"\[Sigma]r", "\[Rule]", "\[Sigma]r0"}], ",", RowBox[{"\[Sigma]rD", "\[Rule]", "\[Sigma]rD0"}], ",", RowBox[{"f", "\[Rule]", "f0"}], ",", RowBox[{"n\[Beta]", "\[Rule]", "n\[Beta]0"}], ",", RowBox[{"n\[Gamma]", "\[Rule]", "n\[Gamma]0"}]}], "}"}]}], ";"}], "}"}]}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"refreshSubstitutions", ";"}], "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ RowBox[{"**", " ", "define"}], " ", "function", " ", "that", " ", "evaluates", " ", "equations"}], " ", "***)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"evaluateEquations", ":=", RowBox[{"{", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"adsorbatesBNumeric", "=", RowBox[{"adsorbatesB", " ", "/.", "sub"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"adsorbatesCNumeric", "=", RowBox[{"adsorbatesC", " ", "/.", "sub"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"dissociateBNumeric", "=", RowBox[{"dissociateB", " ", "/.", "sub"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"dissociateCNumeric", "=", RowBox[{"dissociateC", " ", "/.", "sub"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"depositNumeric", "=", RowBox[{"deposit", "/.", "sub"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"sol", "=", RowBox[{"NDSolve", "[", RowBox[{ RowBox[{"{", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ "adsorbatesBNumeric", ",", "adsorbatesCNumeric", ",", "dissociateBNumeric", ",", "dissociateCNumeric", ",", "depositNumeric", ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"Nb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Nc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"N\[Beta]", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"N\[Gamma]", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ND", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}]}], RowBox[{"(*", " ", StyleBox[ RowBox[{ RowBox[{"INITIAL", " ", "COVERAGE"}], " ", "=", " ", "0"}], FontColor->RGBColor[1, 0, 0]], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", "}"}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"Nb", "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"Nc", "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"N\[Beta]", "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"N\[Gamma]", "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"ND", "[", "t", "]"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "tmin", ",", "tmax"}], "}"}], ",", RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}]}], "]"}]}], ";"}], "}"}]}], "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ RowBox[{"**", " ", "set"}], " ", "up", " ", "equations"}], " ", "***)"}], " ", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"Fb", "=", RowBox[{"Pb", "*", RowBox[{"13332200", "/", RowBox[{"Sqrt", "[", RowBox[{ "2", "*", "Pi", "*", "mb", "*", "1.66053873", "*", "1.38066", "*", "Tg"}], "]"}]}]}]}], ";", " ", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{ "EBIE", " ", "precursor", " ", "gas", " ", "molecule", " ", "flux", " ", RowBox[{"(", RowBox[{ SuperscriptBox["\[CapitalARing]", RowBox[{"-", "2"}]], SuperscriptBox["s", RowBox[{"-", "1"}]]}], ")"}]}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"Fc", "=", RowBox[{"Pc", "*", RowBox[{"13332200", "/", RowBox[{"Sqrt", "[", RowBox[{ "2", "*", "Pi", "*", "mc", "*", "1.66053873", "*", "1.38066", "*", "Tg"}], "]"}]}]}]}], ";", " ", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{ "EBID", " ", "precursor", " ", "gas", " ", "molecule", " ", "flux", " ", RowBox[{"(", RowBox[{ SuperscriptBox["\[CapitalARing]", RowBox[{"-", "2"}]], SuperscriptBox["s", RowBox[{"-", "1"}]]}], ")"}]}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"kb", "=", RowBox[{"\[Kappa]b", "*", RowBox[{"Exp", "[", RowBox[{ RowBox[{"-", "Eb"}], "/", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "*", "T"}], ")"}]}], "]"}]}]}], ";", RowBox[{"(*", RowBox[{"EBIE", " ", "precursor", " ", "desorption", " ", "rate", " ", RowBox[{"(", SuperscriptBox["s", RowBox[{"-", "1"}]], ")"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"kc", "=", RowBox[{"\[Kappa]c", "*", RowBox[{"Exp", "[", RowBox[{ RowBox[{"-", "Ec"}], "/", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "*", "T"}], ")"}]}], "]"}]}]}], ";", RowBox[{"(*", RowBox[{"EBID", " ", "precursor", " ", "desorption", " ", "rate", " ", RowBox[{"(", SuperscriptBox["s", RowBox[{"-", "1"}]], ")"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"\[CapitalLambda]b", "=", RowBox[{"sb", "*", "Fb", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", "\[CapitalTheta]"}], ")"}]}]}], ";", " ", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{"EBIE", " ", "precursor", " ", "adsorption", " ", "flux"}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"\[CapitalLambda]c", "=", RowBox[{"sc", "*", "Fc", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", "\[CapitalTheta]"}], ")"}]}]}], ";", " ", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{"EBIE", " ", "precursor", " ", "adsorption", " ", "flux"}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"\[CapitalTheta]", "=", RowBox[{ RowBox[{"Ab", "*", RowBox[{"Nb", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"Ac", "*", RowBox[{"Nc", "[", "t", "]"}]}]}]}], ";", " ", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{"adsorbate", " ", "coverage"}], " ", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"adsorbatesB", "=", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Nb", "'"}], "[", "t", "]"}], "==", RowBox[{"\[CapitalLambda]b", "-", RowBox[{ RowBox[{"Nb", "[", "t", "]"}], "*", "kb"}], "-", RowBox[{ RowBox[{"N\[Beta]", "'"}], "[", "t", "]"}]}]}]}]}], RowBox[{"(*", RowBox[{"EBIE", " ", "precursor", " ", "adsorbates"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"adsorbatesC", "=", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Nc", "'"}], "[", "t", "]"}], "==", RowBox[{"\[CapitalLambda]c", "-", RowBox[{ RowBox[{"Nc", "[", "t", "]"}], "*", "kc"}], "-", RowBox[{ RowBox[{"N\[Gamma]", "'"}], "[", "t", "]"}], "-", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"N\[Beta]", "'"}], "[", "t", "]"}], "*", "\[Sigma]r", "*", RowBox[{"Nc", "[", "t", "]"}]}]}]}]}], " ", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{"EBID", " ", "precursor", " ", "adsorbates"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"dissociateB", "=", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"N\[Beta]", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"n\[Beta]", "*", "f", "*", "\[Sigma]\[Beta]", "*", RowBox[{"Nb", "[", "t", "]"}]}]}]}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"dissociateC", "=", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"N\[Gamma]", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"n\[Gamma]", "*", "f", "*", "\[Sigma]\[Gamma]", "*", RowBox[{"Nc", "[", "t", "]"}]}]}]}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"deposit", "=", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"ND", "'"}], "[", "t", "]"}], "==", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"N\[Gamma]", "'"}], "[", "t", "]"}], "-", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"N\[Beta]", "'"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"\[Sigma]r", "*", RowBox[{"Nc", "[", "t", "]"}]}]}], ")"}], "*", "\[Sigma]rD", "*", RowBox[{"Min", "[", RowBox[{ RowBox[{"ND", "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"1", "/", "Ac"}]}], "]"}]}]}]}]}], " ", RowBox[{"(*", " ", RowBox[{"EBID", " ", "precursor", " ", "adsorbates"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"kb", "=", RowBox[{"\[Kappa]b", "*", RowBox[{"Exp", "[", RowBox[{ RowBox[{"-", "Eb"}], "/", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "*", "T"}], ")"}]}], "]"}]}]}], ";", RowBox[{"(*", RowBox[{"EBIE", " ", "precursor", " ", "desorption", " ", "rate", " ", RowBox[{"(", SuperscriptBox["s", RowBox[{"-", "1"}]], ")"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"kc", "=", RowBox[{"\[Kappa]c", "*", RowBox[{"Exp", "[", RowBox[{ RowBox[{"-", "Ec"}], "/", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "*", "T"}], ")"}]}], "]"}]}]}], ";", RowBox[{"(*", RowBox[{"EBID", " ", "precursor", " ", "desorption", " ", "rate", " ", RowBox[{"(", SuperscriptBox["s", RowBox[{"-", "1"}]], ")"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", "evaluateEquations", ";"}], "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"LogLinearPlot", "[", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"Evaluate", "[", RowBox[{ RowBox[{"Nb", "[", "t", "]"}], "/.", "sol"}], "]"}], ",", RowBox[{"Evaluate", "[", RowBox[{ RowBox[{"Nc", "[", "t", "]"}], "/.", "sol"}], "]"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "tmin", ",", "tmax"}], "}"}], ",", RowBox[{"PlotRange", "\[Rule]", "All"}], ",", " ", RowBox[{"Frame", "\[Rule]", "True"}], ",", " ", RowBox[{"FrameLabel", "\[Rule]", RowBox[{"{", RowBox[{ "\"\